Puedes prescindir de alguno de los ingredientes del relleno que no te gusten y añadir otros, ya sabes, la imaginación en los rellenos de las pizzas es infinita.
En general en las pizzerías ponen el queso al mismo tiempo que todo lo demás, pero es obvio que no lleva el mismo tiempo cocinar una masa que derretir queso, así que es mejor hornear primero la masa con el tomate y finalmente añadir el queso que en pocos minutos lo tendremos derretido.